厘清我国重要水产种质资源（草鱼、鲫、鲤、牡蛎、对虾）和特色种质资源（岩原鲤、丝尾鳠、圆口铜鱼、河豚、刀鱼、糙刺参、许氏平鮋、砗磲等），扩充水产种质资源库、巩固十年禁渔成效；阐明重要水生生物性状创新的基因组基础、性状分化与功能调节以及对特殊环境的适应性机制等；依据我国特色水产种质资源，挖掘新型优势养殖对象，开展种质资源人工繁育、驯化研究，突破人工繁育及快速驯化技术瓶颈。
主要研究内容：
针对发掘新型养殖对象满足人民对特色优质水产品需求等背后的关键科学问题，将主要针对当前人类社会活动（江河阻隔、水利枢纽建设等）和水体环境影响所造成的潜在渔业资源衰减，采取抢救性措施，及时保障具有潜在渔业产业化价值的养殖对象收集、繁育、驯化的研究，例如对长江上游受到近年来梯级水利枢纽启用影响的岩原鲤、丝尾鳠、圆口铜鱼等特有鱼类资源，包括近海、河口等受到环境胁迫而影响的河豚、刀鱼、许氏平鮋等特色鱼类资源，开展及时的、抢救性的资源收集、培育、以及驯化技术研究，维护其后续作为可供新型养殖对象、种质资源发掘的可能性，满足人民对高质量、特色水产品的需求。
重点任务有：
1. 生物多样性资源与保护
2. 生物资源与演化机制
3. 新型种质资源发掘与驯化
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