以大宗养殖的淡水鱼类、海洋贝类、海洋甲壳类和海洋藻类为研究对象，应对集约化养殖和全球气候变化情景下的水产养殖挑战，阐明经济性状形成和多性状耦合的遗传基础，解析关键调控元件和网络，发掘适用于性状改良的遗传资源，进一步揭示典型养殖场景下表型-基因型-环境的互作机制。
主要研究内容：
针对生产性状精准改良的关键科学问题，以大宗养殖水产品（鲫、鲤、草鱼、克氏原螯虾、牡蛎、对虾、紫菜等）和名特优水产品（黄鳝、黄颡鱼、鳜、贝、海参等）为研究对象，深入解析生长、生殖与性别、抗病、抗逆（耐低氧、耐高/低温、低应激反应等）、品质（肌间刺、不饱和脂肪酸含量、糖原等）和饲料高效利用等性状形成的遗传机制。其中特别注重针对不同水产品性状特点，有区分、有重点地解析其背后的调控网络，提升水产品种的特色和价值，如虾蟹类虾青素代谢和蜕皮周期调控、贝类鲜味物质积累等。在解析单一性状遗传机制的基础上，进一步关注多种性状遗传基础的耦合机制，重点关注生长与代谢、生长与抗病/抗逆、性别异形与生产关联等多性状耦合和协同改良的调控机制，挖掘典型养殖场景下表型-基因型-环境的互作机制；鉴定具有重要育种价值的分子遗传标记、功能基因、关键调控元件和优异等位基因等，并应用于育种中。
重点任务有：
1. 重要经济性状形成的遗传基础
2.多种重要经济性状的耦合机制
3.表型-基因型-环境的互作机制
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