围绕水产实验室主责主业，先后与中国水产科学研究院、中国海洋大学、上海海洋大学、湖南师范大学、中山大学、汕头大学、广东海大集团等水产优势科研院所、高校及企业建立了战略合作伙伴关系。协同开展农业生物育种重大专项项目“抗病抗逆鱼新品种设计与培育”，“集约高产鱼新品种设计与培育”，国家重点研发计划项目“重要养殖鱼、虾高产和抗病性状形成的分子调控网络研究”，“虾贝参蟹绿色优质养殖营养调控机制和精准饲料技术”，“大水面生态渔业保护与利用技术”，国家自然科学基金重大项目“鱼类远缘杂交分子遗传规律研究”等重大项目。与中国水产科学研究院长江水产研究所和湖北谈红鳝业水产养殖有限公司等单位共同承担湖北省重点研发项目，开展“名优水产养殖品种良种繁育技术”联合攻关。